然而，其中仍有不少軟硬體方面的問題，預料將在接下來成為這個項目是否成功的關鍵。
近兩日東北季風帶來的長命雨，更暴露出了另一艱巨挑戰：
洪水問題不解，柔新特區何去何從？
各大道路被水「切斷」在龐大雨量下，柔佛各地泛濫成災，災情頻傳，截至今日，已有超過1萬名災黎被迫從家園疏散。
除了無家可歸的災民，新山市區通往各地的主幹道路更受到嚴重積水影響，導致交通嚴重癱瘓。
包括連結新山關卡的東部疏散大道（EDL），以及前往其他商圈及人口稠密區的地不佬大道、巴西古當大道和士姑來大道，都被高漲的洪水「切斷」，一些路段僅能勉強通行，有的則被迫關閉。
https://www.facebook.com/reel/1175637720169586
https://www.facebook.com/1508873836/videos/pcb.10227906551878377/3124200951063083
不少人堵在長長的車龍動彈不得。
有人抱怨，平日半小時到一小時的路程，花了4、5個小時竟還回不了家。
也有乘搭校車的學生據稱花了整整7個小時才從學校返家。
柔新特區的落實細節龐雜，但邏輯非常簡單：
新加坡有錢有技術，馬國有地有勞動力，新加坡企業到當地設廠，皆此降低成本；柔佛則藉著投資流入，發展經濟，為當地人提供工作機會。
在這當中，新柔兩地一衣帶水的聯通性是關鍵。
早前，已有不少分析提到，柔新經濟特區的成敗，取決於兩地關卡的交通堵塞問題能否妥善解決。
而昨日（21日）新山主幹道路因水患陷入癱瘓，更凸顯交通問題恐怕不僅限於關卡是否塞車。
根據計劃，柔新經濟特區腹地極廣，面積超過3500平方公里，大約是新加坡的4倍，分為九大區塊。
除了新山市中心，仍有其他屬於柔新經濟特區的經濟板塊分布在柔佛其他區域，到當地投資的新加坡及外國企業將根據商業性質，前往不同區域設廠設點。
換句話說，出了關卡，通往其他地方的交通，仍將是柔新經濟特區是否順利發展的要素。
若在未來，像這兩日突發性水災導致交通大癱瘓的情況仍無法避免，把生產線和部分營運項目遷移至柔新特區，但仍須把貨品運回新加坡，進行轉出口或銷售的企業，在營運方面恐怕將迎來不少挑戰。
一場豪雨，便可能導致新柔兩地人員及貨物流動陷入紊亂。
這恰恰是柔新經濟特區成敗的關鍵。
相關計劃包括投資16億令吉（約4.8億新元）在柔佛建設三座河岸水庫，以應對當地居民和柔新經濟特區的用水需求。
針對治水問題，柔佛州務大臣翁哈菲茲則強調將加速推動新山、麻坡和哥打丁宜等地區的防洪工程
此外，在交通方面，新柔地鐵（RTS）於2026年通車後，每日載客量將逐步增加至15萬人次，但在柔佛公共運輸網不發達的情況下，如何有效將人流從新山的武吉查卡站疏散至柔佛其他區域，近來也成為熱議課題。
一些專家指出，在柔佛道路流量已接近飽和的情況下，只有改善公交系統，才能避免交通擁堵問題進一步惡化，拖了柔新經濟特區的後腿。
綜觀新加坡媒體報道，不少本地企業都表露出到柔新經濟特區發展業務的意願。
但其中一個揮之不去，讓他們必須三思而行的擔憂是：
當地的基礎設施是否跟上腳步，有無準備到位？
這包括加強水電供應，確保工廠順利運轉；改善交通系統，確保人員與物流暢通，以及提升排水系統，應對常年困擾柔佛的洪水問題。
近幾日的長命雨，無疑再度敲響了警鐘。